Slack上でチャンネルが削除された場合、SysCloudでチャンネルのスレッドをリストアできますか？

はい。Slack側で関連するチャンネルが削除された場合、SysCloudでリストアを実行すると、同じ名前でチャンネルが再作成され、スレッドがSlackにリストアされます。