フォルダ構造を保持したままエクスポートする方法はありますか?

エクスポート処理では、ドライブ内のフォルダ構造を保持することはできません。

エクスポート処理では、ドライブ内のファイルデータのみが選択され、それらを一つのフォルダにまとめ、ZIPファイルに圧縮し、ダウンロード用ファイルを生成しています。そのため、フォルダ構造は保持されません。