フォルダ構造を保持したままエクスポートする方法はありますか？

エクスポートの処理が完了した後、アプリケーション上のフォルダ構成を維持することはできません。これは、エクスポートの操作ではアプリケーションのデータをファイルとして選択し、それらをまとめて1つのフォルダにアーカイブしてZIP形式に圧縮したうえでダウンロードする仕組みとなっているためです。